El relativo sedentarismo en torno al río propició un aumento de población que inició el secado y almacenaje del pescado, anunciando ya las prácticas neolíticas. Los únicos vestigios que han llegado hasta nosotros de estos primeros egipcios son útiles de sílex, como cuchillos, y puntas de flecha y de lanza, utilizados en la caza y el despiece de los animales. Sin embargo, también se han encontrado útiles encaminados al desarrollo de la pesca, como anzuelos y arpones. No obstante, lo más destacable es la realización de microlitos, pequeñas lascas de sílex que se insertaban en herramientas de madera, de caña o de hueso, y que facilitaban la manejabilidad de los utensilios, en contraste con el peso de las hachas de piedra.

La fabricación y empleo de estas pequeñas lascas de sílex implica, no sólo un avance técnico importante en lo que al trabajo de la piedra se refiere, sino también un considerable adelanto en los métodos de caza y en el despiece y aprovechamiento de las piezas cobradas.

En torno al año 10.000 a.C., en los inicios del Neolítico, un nuevo cambio climático, centrado esta vez en el aumento de la humedad ambiental y, por tanto, de las lluvias en las zonas desérticas que bordeaban el Nilo, propició el repoblamiento de dichas zonas.

Empujados por las crecidas extremas del Nilo y el seguimiento de los animales que poblaban las estepas, grupos de cazadores seminómadas se asentaron en las márgenes del río y, probablemente, llegaron a domesticar ganado vacuno. Los yacimientos más importantes se hallan en El-Kab, Heluán y El-Fayum, que acogió la cultura más antigua de Egipto, denominada Fayum A, hasta ahora insuficientemente documentada, ya que aún no han sido encontrados los posibles poblados y necrópolis de la misma.

Estas culturas primigenias se mantuvieron hasta el VI milenio a.C., desarrollando actividades que los vinculan más con las últimas etapas del Paleolítico que con el naciente Neolítico.
En el VI milenio a.C. se consolidó la nueva evolución climática que ya se iniciara en el VII milenio a.C.: la desertización definitiva de las zonas adyacentes al río, que culminaría en el III milenio a.C. y que condicionaría la evolución de la población y el desarrollo de la civilización egipcia en época histórica.

Esta desertización obligó a los grupos de población a replegarse de nuevo en torno al valle del Nilo, haciendo su aparición los primeros poblados agrícolas, plenamente neolíticos, en torno al año 5.500 a.C. Dichos poblados, constituidos por pequeñas chozas edificadas con cañas, esteras de junco o bloques de barro, albergaron a una población que había domesticado ya, además del ganado vacuno, perros, cabras, ovejas y cerdos.

En el ámbito agrícola, la fértil tierra del valle, regada por las crecidas, se trabajó primero con la azada y, posteriormente, con el arado, cuya utilización mejoraba las cosechas de trigo y cebada que constituían una de las bases alimenticias de estos poblados. 

El trabajo de la piedra pulimentada, tanto hachas de sílex como microlitos, continuó evolucionando, así como la industria ósea, centrada en la fabricación de punzones y agujas. Uno de los aspectos más interesantes de esta incipiente industria neolítica fue el desarrollo de la cestería, cuyas formas influirían profundamente, en épocas posteriores, en la fabricación de productos cerámicos.

Estos asentamientos iniciales iban a configurar las culturas prehistóricas del Egipto previo a la unificación. Durante el desarrollo de las culturas neolíticas del Antiguo Egipto, es relativamente sencillo distinguir con mayor claridad las diferencias entre Alto y Bajo Egipto y, por supuesto, adivinar la primitiva tendencia a la unificación política, social y cultural que partiría del Alto Egipto en su constante ansia de conquista del Delta.

LAS CULTURAS NEOLÍTICAS DEL BAJO EGIPTO
La cultura de Merimde-Beni-Salame (Merimdense) 

Esta primera cultura del Bajo Egipto, contemporánea de otras documentadas en El-Fayum y El-Omari, cerca de Heluán, se desarrolló en el vértice del Delta del Nilo, a pocos kilómetros del actual Cairo, entre el VI y el V milenio a.C. Su desarrollo generó el inicio de las relaciones comerciales con lo que serían las dos vías principales de intercambio de Egipto: Oriente Próximo y Nubia, ambas zonas influirían decisivamente en el desarrollo artístico de la zona.

En las fases más antiguas ya se habían iniciado las relaciones con Oriente, dado que se aprecia la influencia de motivos decorativos; la cerámica característica de esta cultura, muy fina y de exterior pulido, suele aparecer con una decoración incisa a base de motivos en “espina de pescado”, de clara influencia oriental.

Por su parte, el influjo meridional no se redujo a la simple copia de motivos decorativos, ya que los yacimientos revelan la existencia de un comercio, que llevó hasta el yacimiento de Merimde-Beni-Salame hachas de sílex y arpones de hueso fabricados en el sur.

El desarrollo de los poblados neolíticos fue especialmente importante, tanto desde el punto de vista arqueológico, como desde el prisma social y artístico, dado que las formas de las chozas primitivas inspirarían a futuras formas arquitectónicas en piedra; cabe reseñar aquí como, en época histórica, los templos egipcios fueron concebidos, al igual que en otras culturas del Mediterráneo, como la casa del dios. Así pues, los escasos vestigios de la arquitectura doméstica documentados en el yacimiento de Merimde-Beni-Salame, confirman la existencia de cabañas de planta ovalada que, probablemente, se cubrieron en alzado con esteras de juncos que protegían el recinto interior del viento; el solado de las habitaciones, parcialmente excavado, se rellenaba con vasijas para aislarlo de la humedad.

Las prácticas neolíticas, centradas en la agricultura y la conservación del excedente, se combinaron con la domesticación de ovejas, cabras y cerdos, y dieron lugar a primitivos silos para la conservación del grano, consistentes en grandes vasijas enterradas en tierra.

La industria de la piedra tallada y pulimentada evolucionó con la fabricación de cuchillos y puntas de flechas, así como leznas  , hachas y azadas. El material empleado para la fabricación de estos útiles, el sílex, implicaba la existencia de un comercio con los asentamientos del desierto y el Alto Egipto, dado que la zona del Delta carecía de esta materia prima.

La cerámica autóctona, al margen de las influencias orientales, se fabricaba a mano, de forma muy tosca, mezclando el barro de las riberas del río con paja y produciendo así una cerámica basta, sin decoración alguna, que adquiría un color negro o rojo, dependiendo de la cocción. La mezcla obtenida, no obstante, a pesar de deteriorar el aspecto de las piezas, proporcionaba a las mismas una consistencia que permitía la fabricación de vasijas de grandes dimensiones, como platos y fuentes, así como de algunas formas cerradas (ollas o botellas),  y de las grandes vasijas utilizadas a modo de rudimentarios silos.

La fauna de las riberas del Nilo comenzó a cobrar importancia ya en el VI milenio a.C., en el seno de la cultura de Merimde-Beni-Salame, no sólo desde el punto de vista alimenticio (en estas incipientes poblaciones se consumía, a parte del cerdo, la carne del hipopótamo y el cocodrilo), sino también desde el punto de vista artístico. Las primeras prácticas escultóricas, muy estilizadas, representaban sobre todo ejemplares de ganado vacuno, y unos rudimentarios barcos cuya iconografía, todavía muy elemental, estaba llamada a un importante desarrollo tanto en época prehistórica como en el Egipto faraónico, donde alcanzaría un importante significado simbólico. Tanto la representación de ganado vacuno como la de barcos pueden ser considerados aspectos iconográficos que hacían referencia a la importancia de las principales actividades económicas que se desarrollaron en los poblados merimdenses.

Estos primitivos ensayos escultóricos se realizaron, básicamente, en un soporte de fácil moldeado: la terracota. Algunas de las figuras de terracota documentadas en la cultura merimdense, representaban cabezas humanas; una de las más significativas es, sin duda, la conservada en el Museo Egipcio de El Cairo. Esta pequeña cabeza ovoide fue probablemente el remate de un bastón, al que se unía mediante un orificio practicado en la base de la misma. Los rasgos faciales, muy estilizados, se resumieron en cuatro perforaciones circulares que simulan los ojos, de gran tamaño y profundidad, y la nariz, destacada mediante una pequeña protuberancia en ángulo; la boca se sugirió mediante una abertura ojival que esboza unos labios cuidadosamente redondeados hacia el interior.

Esta pieza, cuya simplicidad de formas y falta de expresividad no deja de producir una honda impresión, destaca sobre todo por la expresión de la boca, abierta, lo que insinúa una figura activa, en actitud de hablar. El jeroglífico que, posteriormente, representaría la letra r y el término boca, adoptó idéntica forma ojival; por otro lado, en época dinástica, la ceremonia de la apertura de la boca constituía un paso imprescindible para la entrada del difunto en el Más Allá. Es demasiado aventurado relacionar estas prácticas tardías con la pequeña cabeza (apenas 11 cm.) de Merimde-Beni-Salame, sin embargo, sí es interesante reseñar la importancia que, ya desde tan temprana fecha, se concede a su conformación.

La citada simplicidad de formas, así como la acusada profundidad de los orificios que simbolizaban los ojos, pueden sugerir la colocación de elementos pétreos para resaltarlos; en este mismo sentido, se ha sugerido que las pequeñas perforaciones de la parte superior de la cabeza y la barbilla, pudieron estar destinadas a la inserción de pelo, para simular la cabellera y la barba del representado.

Los restantes temas representados en terracota destacaron, como ya ha sido señalado, por la importancia concedida al ganado vacuno, así como al tránsito fluvial; los citados motivos anticiparon algunas de las costumbres de época histórica. 

En primer lugar, la identificación del Faraón con el toro, que se consolidó en época predinástica, estuvo también relacionada con la adoración del toro, ya desde los primeros asentamientos y desembocaría en la institución posterior del culto de determinados ejemplares de la especie, personificados por el toro   Apis, manifestación de Ptah   cuyo culto alcanzó una mayor difusión, pero también por otros como Mnevis o Merur (relacionado con el dios Ra  ), Bujis (asociado a Montu  ) y Kamutef (que simbolizaba la potencia viril del dios Min ). En cualquier caso, es probable que estas primitivas imágenes de ganado vacuno no estuvieran relacionadas tan sólo con la un simple afán naturalista de representación de la fauna autóctona, sino con un profundo sentimiento religioso que no se definiría hasta época faraónica, mediante la complejidad de cultos descrita.

El Nilo, al margen de su significado mítico-religioso y de la importancia de sus crecidas para la economía del valle, fue desde época prehistórica la principal arteria de comunicación entre el Alto y Bajo Egipto; así pues, la importancia del barco como elemento de tránsito se reflejaría también en ceremonias de tipo funerario, donde el barco fue un elemento imprescindible de tránsito al otro mundo, tal y como se consolidaría en época faraónica: “Las barcas, servían para desplazarse de un lugar a otro, por lo que se interpretó que también eran el medio para expresar un símbolo de transición, un modo de expresar el periplo de los cuerpos celestes, es decir del Sol y de los difuntos a través del cielo. Se encuentran desde períodos muy tempranos, tanto formando parte de la decoración de vasos predinásticos o elaborando vasos y maquetas con la forma de estos navíos”  .

Los enterramientos documentados en el yacimiento de Merimde-Beni-Salame, se ajustan a costumbres primitivas, todavía alejados de las elaboradas tumbas de época histórica. En el transcurso del VI y V milenio a.C., en el Bajo Egipto, el cuerpo se depositaba en una fosa, generalmente poco profunda, en posición fetal; en ocasiones, las inhumaciones se llevaron a cabo en el interior de las casas, sobre todo, en el caso de mujeres y niños. Estos eran depositados también en posición fetal y con la cabeza orientada al sur.

Del mismo modo que en época histórica el templo se concebía como la casa del dios y, por tanto, se inspiraba en la arquitectura doméstica, la primitiva costumbre de enterrar a los antepasados bajo la choza, influiría también en la concepción de la denominada tumba-casa, noción que estaba destinada a un amplio desarrollo posterior en Egipto.

La cultura de Merimde-Beni-Salame no ha brindado mucho más material  arqueológico, al margen de la cerámica y la industria lítica, dado que los ajuares fueron muy pobres, apenas compuestos por alguno de estos elementos concebidos para la vida cotidiana; no debió ser habitual, por tanto, que se destacase a determinados personajes mediante adornos u objetos de lujo, lo que proporciona una idea de la escasa jerarquización social de los poblados merimdenses.