En el año 313, con el Edicto de Milán, Constantino promulgó la libertad religiosa, y el cristianismo afloró con una organización sistematizada, aunque expuesto a continuas tensiones por las diferentes interpretaciones dogmáticas propugnadas por las escuelas de Filosofía y Teología. Fue la época de los Concilios, en los que se fueron perfilando las directrices a seguir y se combatieron las doctrinas y posiciones heréticas.

En el año 391 Teodosio proclamó al cristianismo religión oficial del Estado, prohibiéndose en adelante todos los cultos  paganos. A su muerte, en el año 395, el Imperio se dividió entre sus dos hijos, instituyéndose así, de derecho, lo que de hecho venía haciéndose para permitir su mejor gobernabilidad. Tras esta división Honorio se convirtió en emperador del Imperio Romano de Occidente y Arcadio en emperador del Imperio Romano de Oriente. Egipto, por su situación geográfica, entró a formar parte del Imperio Romano de Oriente o Imperio Bizantino, al que estuvo ligado, excepto por un breve período de tiempo, hasta la conquista musulmana.

En esta etapa continuaron en vigor las reformas administrativas puestas en marcha por Diocleciano, sufriendo un endurecimiento en el siglo VI durante el reinado de Justiniano. Este reunió el poder civil y militar en las mismas manos. Aunque el prefecto continuó representándole, rompió su hegemonía en el territorio al dividirlo en cuatro ducados sometidos a otras subdivisiones más pequeñas. Muchos de los nuevos oficiales, siguiendo una política de acercamiento, se nombraron entre la población egipcia, por lo que las instituciones empezaron a tomar un carácter específicamente egipcio. Los impuestos continuaron recaudándose entre la masa de la población egipcia y también entre los griegos, lo que provocó la disminución de las clases medias de origen griego.

La masa de población autóctona se consolidó y cohesionó ganando en importancia y proporción. Esta población, que mostraba reticencias hacia el poder proveniente de Bizancio, se dejó seducir por las doctrinas de la Iglesia que mantuvo, en este período, un duro debate en cuestiones teológicas, y apoyó las teorías monofisitas rechazadas por la Iglesia ortodoxa y consideradas heréticas en el Concilio de Calcedonia celebrado el año 451.

Tras la muerte de Justiniano los excesos de la administración provocaron una revuelta que estalló en el Delta en el año 581 y mantuvo a Egipto en estado de disidencia hasta el año 610.
Las tensiones producidas entre los coptos y los gobernadores bizantinos fueron aprovechadas por los sasánidas, que apoyando a los primeros en sus reivindicaciones políticas, administrativas y religiosas provocaron la separación política entre Egipto y Bizancio, ocupando el territorio egipcio entre los años 619 y 629. Los sasánidas apoyaron a los monofisitas en sus reivindicacioes en contra de los melquitas.

En el año 629 el emperador Heraclio expulsó de Egipto a los persas y propuso una fórmula de reconciliación entre los jacobitas y melquitas para suprimir las tensiones religiosas que desunían a las dos facciones, y que eran un pretexto constante para provocar rebeliones. Pero esta fórmula fue rechazada por los jacobitas, que a causa de las presiones de toda índole que soportaban estaban dispuestos a aprovechar la mínima oportunidad que se les presentara para volverse a liberar del yugo bizantino.

Fue éste un período en el que se produjeron constantes escaramuzas entre bizantinos, persas y musulmanes.

En el año 641 los árabes al mando del general 'Amr?ibn al?'As conquistaron Egipto, poniendo fin definitivamente a la dominación bizantina. Los coptos favorecieron la conquista, ya que vieron en los árabes, como habían visto 30 años antes en los sasánidas, a sus libertadores. Esperaban de ellos un trato de favor especial para con el pueblo y la Iglesia copta, pero el trato especial que se les dispensó al principio pronto se convirtió en una nueva servidumbre que dio lugar a que en el siglo X los cristianos coptos ya hubiesen dejado de ser mayoría con respecto a la población musulmana.

Como los árabes desconocían la economía del país preservaron la administración bizantina y dejaron a los coptos en sus puestos administrativos, les autorizaron la libre práctica de su religión y liberaron del exilio a Benjamín, patriarca de Alejandría.

Los coptos aportaban una riqueza agrícola excepcional que los musulmanes procuraron proteger y organizar. El territorio se centralizó reduciendo el número de ducados a dos divisiones administrativas, el Alto y el Bajo Egipto, puestos bajo el mando de un gobernador y divididos a su vez en distritos llamados kura, a cuya cabeza estaba un prefecto que dirigía las finanzas y la policía.
La situación de los cristianos pronto cambió y se fue agravando bajo el nuevo régimen, ya que los dhimmis -condiciones impuestas a los vencidos- eran duros. Los coptos tenían que pagar la djizia, impuesto personal del que estaban eximidos los musulmanes en su condición de combatientes dispuestos continuamente a librar la guerra santa o yihad; y como los impuestos de la djizia no dejaban de crecer, muchos coptos optaron por refugiarse en los monasterios o convertirse al Islam. 

Además de pagar impuestos, los coptos estaban sometidos a numerosos tratos de inferioridad con respecto a los musulmanes: se les juzgaba en tribunales de justicia musulmanes, su indumentaria era diferente, sus viviendas debían ser más modestas que las de sus vecinos musulmanes, no podían abrir nuevas iglesias ni monasterios en las ciudades construidas por los musulmanes, y su lengua quedó relegada a las ceremonias litúrgicas al convertirse el árabe en la lengua oficial. Su situación fue empeorando cada vez más, a pesar de que algunos califas les favorecieron y se esforzaron por mitigar la miseria social en que se encontraban.
Bajo las dinastías Omeya (660-750) y Abásida (750-860) Egipto formó parte del mundo árabe unificado, pero los gobernadores soñaban frecuentemente con la independencia, que se logró con el gobernador de origen turco Ahmed Ibn Tulun, nombrado para este cargo en el año 868. En el año 872 este gobernador se independizó de Bagdad dando comienzo al período tulúnida (868-905), al que siguió el período ijshidí (935-969).

En todo este tiempo los gobernadores dejaron la administración financiera en manos de los funcionarios coptos. Fueron épocas de numerosas revueltas entre la población copta que protestaba contra las altas tasas que tenía que pagar y contra el trato diferenciado que se les dispensaba por su condición socio-religiosa.

En el año 912 la dinastía norteafricana de los fatimíes lanzó la primera ofensiva contra Egipto, culminando éstas con su conquista en el año 969. En el período fatimí (969-1171) se proclamó la unidad nacional y se produjo un acercamiento entre los califas y los coptos, que mantuvieron estrechas relaciones. En este ambiente se celebraron algunas fiestas cristianas con manifestaciones públicas, los califas admitieron como consejeros y visires a coptos, y se permitió el embellecimiento y reconstrucción de sus antiguos edificios sagrados junto a la construcción de otros nuevos. Las buenas relaciones entre los califas y la población copta se debieron al agradecimiento por la colaboración prestada por los últimos para la buena marcha de la administración y la economía del país, y a que estos califas, de ascendencia chiita, querían contrarrestar las fuerzas sunnitas presentes en la población musulmana. Pero a pesar de la política de participación y tolerancia, en este período se acentuó el empleo del árabe entre los coptos y se aceleró el proceso de su integración en el conjunto de la población.
La dinastía ayubita (1171-1250) instaurada por Ayyub ibn Sadi ibn Marvan continuó la política de sus antecesores en el gobierno, con lo que la unión entre la población musulmana y copta se hizo tan estrecha que muchos millones de coptos, después de haber asimilado por completo la cultura musulmana, se convirtieron al Islam.

A partir de estos momentos la población copta fue disminuyendo y, aunque permaneció fiel a sus costumbres, quedó absorbida por la población musulmana dominante, dejando de ejercer su cultura desde entonces cualquier influencia sobre los demás grupos sociales. Desde mediados del siglo XIII, en que Egipto cayó en la órbita de poder de los mamelucos (1250-1517), se tiene que hablar de los "coptos en Egipto", por constituir estos un grupo de población minoritaria que conservaron su cultura, religión y modos de vida, pero sin fuerza para ejercer ninguna influencia sobre la civilización musulmana dominante sino, todo al contrario, adaptándose poco a poco a su forma de vida. A partir de entonces el Arte Copto agotó por completo su actividad creadora y se limitó a repetir los modelos de su época de esplendor y a asimilar y reproducir los elementos artísticos provenientes de la cultura oficial.

A pesar de haberse fundido y asimilado a la población musulmana, los coptos siempre han sido considerados ciudadanos de segundo orden, pero se ha tolerado su presencia a lo largo de los siglos e, incluso, han participado en los gobiernos de mayoría musulmana por sus dotes gestoras y administrativas. La cohesión de la comunidad se ha visto favorecida por la costumbre de celebrar sus matrimonios entre ellos, a menudo entre parientes, y de todos los habitantes de Egipto son los que más se asemejan a los antiguos egipcios, ya que apenas se han mezclado con el resto de la población.

Su lengua quedó restringida a las celebraciones litúrgicas, aunque en la actualidad las palabras de la consagración (desde el siglo XIX) y las lecturas (desde este siglo) se doblan en árabe. El pueblo ignora la lengua copta, la mayoría de los sacerdotes, monjes y clérigos la leen y cantan sin comprenderla, y sólo es conocida y estudiada por ciertas familias de intelectuales.
Los coptos forman en torno al 15% de la población del país, y su participación en la vida activa es sustancial después de haberse proclamado la igualdad de derechos entre coptos y musulmanes aunque, de hecho, parte de la población copta es agraviada constantemente por la población musulmana