El hecho de que, desde la Antigüedad, Egipto haya estado abierto a las distintas influencias extranjeras a causa de las relaciones comerciales y las continuas invasiones a las que estuvo sometido el territorio, generó una población mixta muy mezclada con los pobladores autóctonos. Y su religión, en la que eran muy importantes los ritos mágicos, sufrió el influjo de la religión politeísta griega y de las monoteístas hebraica y zoroástrica.
Los egipcios han sido desde siempre un pueblo muy religioso. Al principio su religión era fetichista y muchas de sus divinidades tuvieron origen funerario. Cada ciudad tenía un dios protector, alguno de los cuales fue adquiriendo un carácter nacional; pero en su panteón fue logrando un rango preeminente la tríada compuesta por Osiris -principio activo-, Isis -principio pasivo- y Horus -unión de los dos principios-. Esta creencia trinitaria facilitó entre la población la posterior asimilación de la Trinidad cristiana.

Tras la conquista de Egipto por Alejandro y el posterior establecimiento de los Lágidas, los cultos griegos adquirieron un gran desarrollo. Dionisos se convirtió en una de las divinidades más adoradas al ser su culto potenciado por los faraones ptolemaicos que se creían descendientes directos del dios, perpetuándose su culto hasta el final de la época pagana.

Los cultos mistéricos adquirieron gran auge gracias al ocultismo de la antigua religión egipcia, y a sus dioses tradicionales se unieron otros de origen griego como Orfeo y Serapis. Este último llegó a identificarse con Osiris y se unió a Isis y Horus, que empezó a ser conocido bajo la denominación de Harpócrates. Los seguidores de Serapis contaban con un número elevado de templos donde celebrar sus ritos, y su culto estuvo tan extendido que Domiciano (81-96) lo organizó y potenció en Egipto y lo favoreció en Roma.

Los judíos, que llegaron a Egipto posiblemente durante el segundo período intermedio (1786-1550 a.C.), también ejercieron cierta influencia con su concepción monoteísta sobre los antiguos cultos egipcios. Posiblemente tuvieron bastante que ver con las reformas religiosas de Amenofis IV, que introdujo el culto monoteísta al dios Atón excluyendo a las demás divinidades locales, aunque sus reformas se suprimieron a la muerte del faraón restituyéndose el politeísmo religioso.

Tras la conquista de Alejandro los judíos de la Diáspora se establecieron en un número considerable en distintas zonas del país como la Tebaida, Al Fayyum y el Delta. En Alejandría se formó una importante comunidad desde la fundación de la ciudad, estableciéndose en barrios separados del resto de la población. La comunidad judía de Alejandría llegó a traducir al griego el Antiguo Testamento.

Como consecuencia del constante flujo de ideas religiosas y filosóficas se produjo en el país un sincretismo religioso que favorecía la permeabilidad a nuevas doctrinas. Esto facilitó la penetración y difusión del cristianismo en Egipto junto al hecho de que el grueso de la población autóctona asimilara los dogmas de la nueva fe a sus antiguas creencias, como fue el caso, ya mencionado, de la tríada formada por Osiris-Isis-Horus y la Trinidad cristiana. Los nuevos adeptos también supieron aprovechar sus convicciones para enarbolar la causa nacionalista que les haría enfrentarse, de distintas formas, al poder central.

Según la tradición, el cristianismo llegó a Egipto entre los años 40 y 49 de mano de San Marcos, enviado a Alejandría por San Pedro. El 24 de Abril del año 68 el santo fue sometido a martirio por los seguidores de Serapis, y su cuerpo fue enterrado en la iglesa de Boucolia donde, al ser cubierta por el mar, permaneció hasta el año 828 en que su cuerpo fue descubierto y comprado por unos pescadores venecianos que lo transladaron a Venecia, guardándose sus restos en la basílica a él consagrada y convirtiéndose en patrón de la República. La predicación de San Marcos en Egipto parece que no contó con mucha tradición en la Antigüedad; no es mencionada por San Clemente de Alejandría (+ 215) ni por Orígenes (+ 251), aunque si por Eusebio de Cesarea (267/340), su difusor.

No se sabe si el cristianismo penetró en Egipto por la zona fronteriza de Palestina o por Alejandría, vía Roma, pero parece que se introdujo primero en las comunidades greco-judaicas de la Diáspora, más abiertas al mundo y a la filosofía griega, que sirvieron de enlace entre el cristianismo naciente y el paganismo. No hay evidencias directas de la existencia de comunidades cristianas en Egipto en el siglo I d.C., pero en los Hechos de los Apóstoles, 18, 24-25, se dice:
"Cierto judío de nombre Apolo, de origen alejandrino, varón elocuente, llegó a Éfeso, era muy perito en el conocimiento de las Escrituras. Estaba bien informado del camino del Señor y con fervor y espíritu hablaba y enseñaba con exactitud lo que toca a Jesús".

Estos versículos parecen indicar la existencia temprana de cristianos en Egipto, que se pudieron haber "informado del camino del Señor" en su misma patria, pero las comunidades parece que se establecieron de forma fortuita.

A finales del siglo II el obispo Julián fundó en Alejandría el Didascalo, escuela catequética que estableció el canon de las Escrituras y se opuso a todas las desviaciones surgidas en el seno de la Iglesia, por tanto, en esta época ya debía haber una comunidad cristiana de cierta importancia, destacando entre sus príncipes obispos como Demetrio (189-231), según se desprende de la Historia Eclesiástica de Eusebio de Cesarea.

Alejandría era un importante centro marítimo y comercial además de capital administrativa, por lo que era visitada por muchos egipcios del interior del país, y el flujo continuo de personas ayudó a que la nueva doctrina se extendiera por el Valle del Nilo, de modo que a finales del siglo II parece que el cristianismo ya había penetrado en el Alto Egipto, aunque no se haría religión mayoritaria hasta el siglo V. Pero la evangelización del Valle del Nilo no fue sistemática ni progresiva, porque los obispos de Alejandría no potenciaron la expansión religiosa, y en los siglos VI y VII todavía quedaban adeptos a las viejas creencias que acogieron con facilidad y se convirtieron con rapidez a la nueva religión musulmana.

En la escuela de Alejandría surgieron manifestaciones litúrgicas y teológicas muy importantes. En esta escuela se fijó el texto definitivo de la Biblia griega, se discutieron las doctrinas en la época de los Concilios Ecuménicos, y se formularon cánones de acuerdo a las tradiciones. Fue la primera escuela catequética y existió en ella una perfecta interrelación entre la religión y la filosofía griega neoplatónica, adaptando al cristianismo las teorías de Platón. En la época conciliar mantuvo una continua pugna con la escuela de Antioquía, convirtiéndose ambas en los dos focos teológicos más importantes de la Antigüedad.

En el Didascalo se crearon talleres de copistas de las Escrituras formándose una élite intelectual greco-parlante, pero no faltó el elemento egipcio, como se atestigua por el empleo del copto en las glosas marginales, en las traducciones parciales y en los glosarios de los textos salidos de su escriptorio.

Es presumible que las primeras conversiones al cristianismo se hicieran entre la población helenizada y, aunque no se sabe cuando empezó a prender la nueva religión entre la población copta, ya hay evidencia de una literatura cristiana en los papiros desde mediados del siglo III, traduciéndose la Biblia al copto a mediados del siglo IV. Mas el cristianismo asumió caracteres diferentes entre el pueblo y las clases altas, estas últimas, más helenizadas, armonizaron sus creencias con los sistemas filosóficos de la Antigüedad, mientras las masas populares practicaban una religión más ingenua y pasional, alimentando su impulso en sus antiguas creencias, que no abandonaron a pesar de convertirse al cristianismo, sino que adaptaron éste a los ritos y mitos de su antigua religión con más de seis mil años de tradición. Fueron estas creencias las que se iban a desarrollar entre los coptos por su larga tradición en la historia egipcia y porque suponían un rechazo a la visión más filosófica del cristianismo más helenizado y un rechazo al poder central, considerado opresor.

El cristianismo naciente pronto tuvo que combatir las herejías y las nuevas doctrinas. Entre éstas tuvo un desarrollo considerable, sobre todo en Egipto donde contó con varias escuelas, el Gnosticismo, doctrina en la que se mezclaron creencias cristianas, judaicas y orientales, y pretendía la comprensión de la divinidad mediante el conocimiento intuitivo y mistérico de las cosas divinas -gnosis-, que estaba en oposición a la sabiduría adquirida por el estudio. Se pretendía fusionar el cristianismo y el paganismo, y esta misión tenía que ser llevada a cabo por los adeptos a la religión cristiana. Su época de mayor apogeo coincidió con los siglos II y III, y además de las consideraciones puramente filosóficas desarrolló una estética a base de representaciones humanas y animales, junto a jeroglíficos e inscripciones latinas indescifrables de carácter mágico; de modo que el Gnosticismo permitió la pervivencia de la magia del Egipto faraónico durante varios siglos en el Egipto copto. En el siglo IV todavía debía tener pujanza, como atestiguan los papiros coptos de origen gnóstico encontrados en Nag Hammadi, y aún en el siglo VII los monjes egipcios empleaban expresiones con aires gnósticos.

Las persecuciones decretadas contra los cristianos provocaron en Egipto un fenómeno que posteriormente iba a tener gran fuerza en la cristiandad. Nos referimos al monacato y al eremitismo como su primera manifestación. Su nacimiento no se debió exclusivamente a condicionantes religiosos, sino que la situación socio-económica en que vivían los coptos provocó que, para escapar de las abusivas tasas a que estaban sometidos y de su condición de esclavos del emperador, muchos huyesen de las ciudades y se refugiasen en el desierto. Este fenómeno se acrecentaba en épocas de persecuciones, teniendo en estos momentos importancia fundamental la causa religiosa. Y lo que empezó como una huida se hizo práctica habitual para algunos que, al principio, se establecieron a las afueras de las poblaciones siendo alimentados por sus conciudadanos, y después se retiraron al desierto para llevar una vida de oración y sacrificio.
La vida eremita ya se practicaba en el Egipto faraónico. La palabra anachoresis -que vive fuera- aparece continuamente en los papiros oficiales para mencionar a quien huye del pago de las tasas, siendo más tarde cuando tomó un significado religioso. Se considera como primer eremita cristiano a San Pablo de Tebas, que abandonó el mundo para retirarse a vivir a una antigua tumba del desierto. A San Pablo siguieron otros como San Antonio, San Senuto, San Macario, etc..

A finales del siglo III San Pacomio, después de haber llevado una vida retirada y como consecuencia de una inspiración divina, congregó a los eremitas en una casa situada en un paraje solitario para liberarlos de los peligros que para el cuerpo y el alma suponía el eremitismo incontrolado. De esta forma se instituyó el monacato, siendo San Pacomio quien redactó la primera regla monástica que sirvió como modelo para todas las posteriores.

La importancia que desde siempre había tenido en Egipto la contemplación del Más Allá pudo influir en la búsqueda de la perfección evangélica mediante la vida retirada. Los monjes se ganaban la vida haciendo cestas de ramas de palmeras y se empleaban como trabajadores en los campos circundantes, pero la vida de la mayoría no transcurría en olor a santidad ya que, a causa de sus tradiciones ancestrales, eran hombren muy impresionables, fanáticos y con costumbres muy relajadas al provenir de las clases sociales más humildes. Desde las ciudades se les acusaba de vivir en la lujuria y en la idolatría, haciéndose más graves estas acusaciones en las épocas de disputas cristológicas para intentar frenar el impulso que iba tomando la Iglesia nacional, ya que, aunque los monjes coptos no eran adictos a las disputas teológicas, seguían el Sínodo de Alejandría, a pesar de que la gran mayoría no sabía leer griego ni copto.

La vida monástica se extendió desde Egipto a Siria y Palestina. A Occidente fue transmitida por San Anastasio, patriarca de Alejandría, durante su destierro en Roma y Tréveris, y, a partir de su difusión, constituyó la manifestación religiosa y cultural más importante de la Edad Media.
Cuando la Iglesia fue permitida y luego reconocida por el Estado, comenzó la gran época de la Teología y de la lucha contra la herejía. Frecuentemente se mantenían posiciones enfrentadas en torno a un problema, siendo los asuntos trinitarios y cristológicos los que preocuparon y ocuparon de manera más constante a los teólogos de las escuelas de Alejandría y Antioquía que, a menudo, se mostraban en desacuerdo. Entre todos los dogmas establecidos y las disputas mantenidas cabe destacar, para nosotros, la establecida en torno a la naturaleza de Cristo.

Cuando se definió como Verdad que Jesucristo era verdadero Dios y verdadero Hombre se planteó el problema de la unión en Cristo de las dos naturalezas para formar la unidad del Hombre-Dios y, para resolverlo, se propusieron dos soluciones por parte de las dos escuelas teológicas de más prestigio.

En Antioquía se proclamó que ambas naturalezas no estaban unidas internamente, sino puestas en conexión. Esta teoría fue expuesta por Nestorio, patriarca de Constantinopla, que llegó a negar la unipersonalidad de Jesucristo y defendió la existencia de dos personas en Cristo, la divina y la humana, encontrándose en ésta última la divinidad como en un templo. Fue Cristo humano el que nació de María, por lo que la Virgen no es Theotokos.

En Alejandría se partía de la humanidad divina y de la unión física y real de las dos naturalezas.
El patriarca Cirilo de Alejandría pidió al Papa Celestino la celebración de un Concilio local en Alejandría para denunciar los errores del patriarca Nestorio. Durante su celebración ambos patriarcas se lanzaron excomunionoes mutuas, pero, como no se llegó a una resolución, se convocó un Concilio Ecuménico en Efeso en el año 431. En este Concilio se aceptaron las teorías de Cirilo, se excomulgó a Nestorio por sus teorías, y se reconoció a María como Theotokos.

Estos enfrentamientos se tradujeron en una rivalidad entre los episcopados de Alejandría y Constantinopla, ya que al ser esta última ciudad encumbrada a categoría de capital del Imperio, su sede episcopal se hizo más eminente y su obispo fue elevado a la dignidad de patriarca.
Esta rivalidad se hizo más manifiesta cuando Dioscoro, patriarca de Alejandría, para contestar una decisión del patriarca de Constantinopla, que había condenado las teorías expuestas por el monje constantinopolitano Eutiques -el cual llegó a la conclusión de que la unión de las dos naturalezas de Cristo era tan íntima que su humanidad era simple apariencia-, abrazó estas ideas. Así nacía la teoría monofisita que se iba a convertir en el elemento diferenciador más importante de la iglesia copta. El Papa León I, que defendía la doctrina de la "unidad de la persona y la dualidad de las naturalezas", condenó las doctrinas de Eutiques y Nestorio en una carta enviada a Flavio, patriarca de Constantinopla, y en el año 451 el emperador Marciano convocó el Concilio Ecuménico de Calcedonia en el que se exilió y condenó a Eutiques y Dioscoro, al cual se destituyó como obispo de Alejandría, nombrándose a otro partidario de las decisiones adoptadas en el Concilio.

A partir de este momento se produjo una división en la Iglesia egipcia: de un lado estaban los melquitas, partidarios de las decisiones adoptadas en Calcedonia y, por tanto, de la posición imperial; y de otro lado estaban los jacobitas, defensores de las teorías monofisitas que defendían la unión de naturalezas en Cristo, ya que la divina absorbía en El a la humana. Este acontecimiento supuso una toma de conciencia nacional entre los egipcios que se oponían tanto a la silla episcopal de Constantinopla como al emperador. Cuando Dioscoro murió en el exilio los coptos o, lo que era lo mismo, los jacobitas le lloraron y celebraron su memoria como si se tratara de un mártir.