Pero cuando no trabaja para un cliente, Klimt deja su lado inofensivo y da rienda suelta a su creatividad y a sus obsesiones. Sus mujeres entonces aparecen nada lánguidas, más bien peligrosas e intuitivas. En su alegoría Pallas Atenea (1898); sustituye la iconografía tradicional de una victoria alada por una versión de su Nuda Veritas, pinta a una mujer acorazada y armada, victoriosa, mostrando la verdad explícita en su mano. Utiliza el oro como elemento pictórico por primera vez. Sus representaciones de Nuda Veritas -el primero un dibujo editado en Ver Sacrum en 1898 y su cuadro de 1899- son altamente provocativas. El tema es idéntico: una mujer desnuda mira frontalmente al espectador y le pone ante sus ojos un espejo, con provocativa y expresiva desnudez, en actitud desafiante ante el espectador. Es la verdad al desnudo, el juego de imagen entre nuestro reflejo y la explicitud de la modelo. Era la época inicial de la Secesión y fue toda una declaración de principios, manifestó su voluntad moderna y, por supuesto, fue un escándalo: la representación explícita del vello púbico rojo, sin ningún motivo historicista que lo justifique, fue considerado una afrenta al ideal clásico de la imagen femenina. En estos años también empieza a desarrollar Klimt un mundo acuático, ensoñador, que continuaría años después. Así sus obras Agua en movimiento (1898) y Peces plateados (1899); evocan un mundo de formas acuáticas, de naturaleza sexual, mujeres que serpentean en actitud provocativa entre las aguas, se dejan llevar por el elemento húmedo del que parecen formar parte. Las algas y las ondas se funden con los cuerpos y cabellos ofreciendo una imagen sensual de mujeres lascivas.

Su primera alegoría sobre el mito de Judith y Holofernes, Judith I (1901), es un ejemplo claro del arquetipo de mujer fatal de Klimt: la expresión de éxtasis de Judith, con la cabeza de su enemigo en la mano, al que ha seducido para decapitarlo, refleja la ambigüedad de sus mujeres: fuerza liberadora, sensual, y, al mismo tiempo, amenaza, mujer fatal y misteriosa. Es la imagen que muchos años después explotarían actrices como Marlene Dietrich y Greta Garbo. La cabeza de Holofernes, tradicional foco de atención en la iconografía de esta representación, aquí aparece desplazada a la derecha, apenas se repara en ella, es el gesto sensual y la representación atractiva de Judith la que establece la relación entre la seducción y su poder, Eros y Tanatos, la obsesión desarrollada por él y que representa en toda su magnitud en las pinturas del hall de la Universidad. Esta imagen causa una gran confusión entre la burguesía judía dominante en Viena: muestra a su heroína y ejemplo bíblico a seguir, casi un tabú religioso, como una mujer que acomete su misión con placer, disfrutando. Klimt no deja de sorprender y escandalizar en esta época. El marco diseñado por su hermano Georg forma parte de la decoración del cuadro, estableciendo un contraste entre los ornamentos planos y dorados y el rostro maquillado, casi en relieve.

Un nuevo ejemplo del vocabulario erótico de Klimt lo refleja en La esperanza I (1903). Todo el erotismo emana en este desnudo de una mujer embarazada, su impúdico vello rojo, la prominente barriga como símbolo de penetración; es la imagen de la feminidad perfecta, demasiado directa. Rodea la imagen de alegorías de dolor y muerte, las edades de la vida y la importancia vital de la mujer.

Las tres edades de la vida (1905), contiene un nuevo acercamiento a todo el ámbito femenino. Esta obra cargada de simbolismo representa tres estados de la vida: la fuente de la vida en una mujer que sostiene a un bebé, la decrepitud en la imagen de desesperación de una anciana, y el comienzo del ciclo con un bebe dormido. No hay que hacerse ilusiones, todo lo placentero e idealizado que tiene la madre con su hija van parejos a la promesa de decadencia y muerte. Sus ornatos y decoración son ya muy característicos: círculos, óvalos, triángulos, colores ocres y azules sobre fondos oscuros que destacan el color de la carne.

Continúa entre 1904 y 1907 sus evocaciones de un mundo acuático y sensual; con sus obras Serpientes acuáticas I y II pinta un universo idealizado en el que casi se pueden escuchar movimientos acuáticos, gemidos. Son pinturas altamente eróticas, simbolizando un mundo narcisista de lesbianas que se aman, se mezclan y tienen naturaleza ondulante y curvilínea, mujeres que se funden con flores, algas, agua y con otras mujeres, que nos invitan a mirarlas y adquirir condición de mirones, invadiendo su intimidad. La ornamentación decorativa característica no resulta excesiva, forma parte de la escena, dando a las dos imágenes una sensación tranquila y placentera.

Sus dos obras más conocidas, Dánae y El beso, los pinta en el cenit de su estilo y su carrera, entre 1907 y 1908. En Dánae, su interpretación del mito en el que Zeus fecunda en forma de lluvia de oro a Dánae, de donde nacerá el héroe Perseo, tiene una carga sexual muy explícita. La pose de la modelo y su gesto, posición fetal y expresión de alcanzar el orgasmo, no tiene nada que ver con la actitud, en teoría pasiva, de la sexualidad femenina. Aquí parece que la mujer tiene el control, la mujer es autosuficiente sexualmente, con su mano derecha parece que se está ayudando a conseguir el orgasmo en una postura masturbatoria. El chorro dorado es absolutamente directo, el semen y los hilos dorados caen directamente en la entrepierna, mezclándose con óvulos. El muslo de la modelo ocupa un primer plano, su cuerpo desnudo son la carnalidad y la sensualidad, a años luz de la iconografía clásica de este mito. El éxtasis amoroso tiene aquí una de sus mejores representaciones, así como el instante de la concepción, con participación activa de la mujer: no hay pasividad ni nada inmaculado en esta, se supone, concepción forzosa. En El beso ofrece una imagen contradictoria de sus mujeres; esta vez la mujer se entrega al hombre, se somete en una expresión de sereno éxtasis, en una imagen de amor espiritual e idealizado. Supone una evolución de este tema que ya ha pintado en el Friso Beethoven y en el Palacio Stocklet, dando siempre el sentido de plenitud amorosa. Los modelos son el propio Klimt y su amiga Emilie Flöge; ambos cuerpos forman una masa dorada, con ornamentos cuadrados para el hombre y circulares para la mujer, con gran profusión colorista, parece que crecen de la naturaleza, de un jardín colorido y floral. Este cuadro desata las más variadas interpretaciones: ¿esos cuadros masculinos complementan o son antagónicos con los círculos femeninos? ¿la posición de la mujer se puede interpretar como resignada, o como entregada a la iniciativa del hombre? La posición de las manos y de los pies de la mujer ¿transmiten placer o están contraídos por la ira, por la distancia que sufre? Klimt presenta aquí dos contradictorias visiones y son ejemplo de su ambigüedad: a la vez de una imagen simple y pura del amor transmitida por un beso en un contexto ideal, una segunda interpretación nos muestra una situación ambigua, incluso forzada y de aparente distanciamiento entre las dos figuras.

Klimt vuelve a interpretar dos de sus alegorías, Judith y La Esperanza, en un nuevo estilo aunque el tema sea el mismo. En Judith II (1909), el tema todavía se confunde más, como ya ocurrió en Judith I, con la historia de Salomé que tanto gustaba a los simbolistas contemporáneos a él. Esta vez la expresión de Judith es mucho más agresiva, mujer fatal pero decadente, con las manos como garras que atrapan a su presa, la cabeza relegada a la misma posición que en su primer cuadro. Ya no hay sensualidad, más bien la maldad de una mujer seductora. La mujer aquí aparece en movimiento, esa ondulación del cuerpo nos sugiere incluso que está danzando. En Esperanza II (1908), Klimt suaviza su mensaje, la desnudez es cubierta por simbólicos motivos, es una imagen más agradable, con vivos colores y en la que no aparece la muerte ni la decadencia. Esta imagen más razonable de Klimt se ha interpretado como un signo de hipocresía, aunque realmente el artista estaba pasando una de sus mejores épocas personales y profesionales, lo que refleja en algunas de sus producciones de estos años.

Sus últimas obras, a partir de 1913, muestran a un Klimt más optimista, no hay presencia de dolor ni muerte (exceptuando Muerte y vida, 1916), sí de ciclos vitales pero expresados de una manera optimista. Utiliza colores puros, sin mezclar, con laberínticos repliegues, formas curvas que recuerdan a una visión caleidoscópica. La virgen (1913), es un punto de transición entre su época dorada y su época algo mas expresionista del final de su vida. Aquí una serie de formas femeninas parecen rotar enredadas alrededor de la figura principal, representando todas las fases del despertar sexual de la mujer, la niña convertida en mujer. Las expresiones son tranquilas, plácidas, la decoración es muy colorista, toda la escena parece flotar, en una captación momentánea de lo que parece un movimiento que anima la escena. Vuelve a representar el amor femenino en Las amigas (1916), cuadro muy colorista y con fondo de influencia del arte japonés. Adán y Eva (inacabado), muestra a una Eva como mujer más accesible, desnuda en una imagen frontal pero no en posición desafiante; Adán apenas en un accesorio, pintado en colores más oscuros, parece un simple relleno decorativo. En su obra La novia (inacabada), su temática vuelve a ser el erotismo y el ciclo de la vida, pero sin aspectos desagradables ni oscuros; la pintura es algo más abstracta, retomando personajes de otras obras suyas, de La virgen y Peces dorados, pintándolos en la misma pose. La figura de en medio actúa de puente entre la mezcla de cuerpos de la izquierda, confusa y forzada, con la expresión tranquila de las figuras inacabadas de la derecha.

A su muerte se encontraron unos 3000 dibujos y algunas obras inacabadas que nos revelaron uno de sus secretos: en sus cuadros pintaba a la mujer siempre desnuda, luego, al introducir la decoración, pintaba encima vistiéndolas.