Por medio de estos asuntos y alegorías bíblicas, cuidadosamente seleccionados, se instruye y alecciona al fiel presente en las ceremonias del templo. A través de la referencia a Abraham, se le recomienda obedecer a Dios en toda circunstancia, sean cuales sean sus designios, y, mediante la alusión a Daniel, se le alienta a recurrir a la oración para solicitar la ayuda  divina. Se le recuerda el modelo de vida y el ejemplo de salvación de cuatro apóstoles: san Pedro, san Pablo, santo Tomás y san Felipe, estrechamente vinculados con Cristo y, finalmente, se alude simbólicamente al valor redentor de la Eucaristía (aves picoteando racimos). 

 La otra pareja de capiteles del crucero, los situados más cerca de la cabecera, exhiben parejas de aves afrontadas picoteando racimos de uvas que surgen de un tallo central (nueva alusión eucarística). En los laterales del capitel de la derecha, aparecen dos cabezas con tonsura en forma de corona y nimbo avenerado. Otras dos cabezas se hallan en los lados del ejemplar de la izquierda, aunque en este caso, llevan barba y no presentan ni nimbo ni tonsura. Ambos grupos han sido interpretados como representaciones de santos, probablemente de procedencia oriental. Los ábacos, por su parte, incorporan nuevamente cabezas humanas que alternan con racimos de uvas y elementos vegetales, una especie de piñas.  La existencia de cuatro rostros enfrentados, dos en cada ábaco, ha hecho pensar que nos encontremos ante una alusión a los cuatro evangelistas.

 El último par de capiteles es el situado en las columnas sobre las que apoya el arco de ingreso a la capilla mayor, el lugar más sagrado del templo. En sus frentes se incorporan arcos, probables alegorías que indican al fiel el acceso a la Casa Celestial, y en sus laterales, flores de doce pétalos (alusión a la inmortalidad). Los cimacios, por su parte, exhiben dos registros de tallos ondulados con vides de referencia eucarística y cruces patadas insertas en círculos, muy semejantes a las que veíamos en San Juan de Baños, símbolo de Cristo. 

 Los muros del presbiterio están ceñidos por una franja constituida por círculos enlazados que alternan elementos ya analizados (cruces, racimos de uvas, flores de doce pétalos,...) con otros nuevos, como las ruedas solares, de rayos curvos, interpretadas como alegorías de la luz que rodea siempre a la divinidad.  El interés ornamental se concentra también en las ventanas del ábside, ricamente decoradas, especialmente la que se abre en el muro testero, que presenta una venera a modo de hornacina y un recuadro con diagonales.

 La banda decorativa se prolonga a lo largo de los muros del cuerpo de la iglesia y del crucero, con escasas variantes en la disposición de los motivos y con  la misma interpretación metafórica, casi jeroglífica.

 Nos encontramos, por tanto, ante un templo de culto público en el que se desarrolla un programa iconográfico-alegórico de origen paleocristiano bien organizado, destinado a adoctrinar al fiel, en el que no faltan influencias bizantinas, pero al que se da una interpretación material genuinamente visigoda, al recurrir a la técnica de talla a bisel. La enorme trascendencia de este conjunto monumental reside precisamente en esto, en su capacidad de trasmitir mensajes teológicos a los fieles a través de sus manifestaciones artísticas, en este caso de sus relieves, adelantándose en algunos siglos a las grandes construcciones románicas, cuya finalidad docente es por todos conocida. 

Junto con el de San Pedro de la Nave, el otro gran conjunto escultórico visigodo lo encontramos en la ermita de Santa María de Quintanilla de las Viñas (Burgos), ubicada geográficamente en la histórica región de Lara. Hoy día, de ella tan sólo se conservan en pie la cabecera y parte del crucero. No obstante, las diferentes campañas de excavaciones arqueológicas llevadas a cabo allí desde 1935, han permitido reconstruir la disposición original de la misma, al hallar las huellas de cimentación de la totalidad del edificio. Se trataría de una iglesia de planta de cruz latina o basilical, de tres naves, la central más ancha que las laterales, con ábside sobresaliente recto y transepto finalizado en dos habitaciones cuadradas, utilizadas probablemente como celdas o sacristías, que se comunicarían con éste mediante puertas. A los pies existiría un pórtico de acceso, flanqueado por dos estancias independientes, de la misma anchura que las naves laterales, distribución ésta muy semejante a los aposentos para peregrinos que vimos en Santa Comba de Bande y San Pedro de la Mata. Probablemente Quintanilla de las Viñas fue una iglesia monástica, en la que se impartía culto público, además de utilizarse también como refugio para caminantes.

El alzado de los muros remite a las construcciones de fines del siglo VII, como San Pedro de la Nave, en función de la gran calidad de su aparejo, a base de grandes sillares de piedra arenisca asentados a hueso. 

La zona del presbiterio se cubrió mediante bóveda vaída de aristas, de la que se conserva el arranque, misma solución que en el cimborrio y que las naves laterales. Las últimas teorías se inclinan porque en el crucero y en la nave central se recurriese a la techumbre de madera. 
Exteriormente, la cabecera de la ermita se halla realzada mediante orlas esculpidas en relieve que recorren sus muros.  El muro testero, el más importante, presenta tres franjas que se disponen en registros superpuestos, constituidas por círculos sogueados enlazados, conteniendo un rico repertorio temático. La orla superior encierra en sus circunferencias diversos animales de perfil: aves, ciervos, felinos, toros, grifos,.... inspirados directamente en los tejidos bizantinos que llegaban a la Península a través del comercio, conocidos con el nombre de pallia rotata, denominación derivada de la distribución de su espacio en tondos circulares en los que se insertan las figuras. 

El friso intermedio incorpora dentro de los círculos, estrellas de seis puntas alternando con monogramas dispuestos en forma cruciforme, que han sido transcritos de diversas maneras: para unos la lectura correcta sería  “Flamola. Daniel. Fecerunt”, para otros “Adelfonsus. Daniel (o Danila) Fecerunt” e incluso hay quien lee, “Adelfonsus Legione y Fredenandus Castella”. Tales inscripciones, a la espera de una explicación convincente sobre las mismas, siguen resultando de oscuro significado. Algunos autores las conectan con el epígrafe ubicado sobre el capitel-imposta del arco toral, que más adelante analizaremos. Por su parte, el friso inferior exhibe, siguiendo la tradición paleocristiana de carácter simbolista, hojas y racimos de vides.

Tanto los muros laterales de la cabecera como los brazos del crucero conservados, poseen también orlas decorativas en relieve, conformando en este caso un número de dos, que se corresponden con las prolongaciones de los frisos intermedio e inferior del testero. Éste último repite los motivos de uvas y hojas, pero el intermedio, tornado ahora en superior, incorpora algunas representaciones novedosas, basadas en diferentes modalidades de aves: pavos reales, patos, perdices,... y arbolillos, probablemente una traslación del tema oriental del Hom o Árbol de la Vida,  todos ellos integrados en tondos, con la misma idea de los textiles orientales. Estos registros organizados en círculos pueden ponerse en paralelo con la ornamentación escultórica  de San Pedro de la Nave.

La riqueza relivaria de Quintanilla de las Viñas es todavía mayor en su interior. El arco de herradura por el que se accede a la capilla mayor está profusamente decorado. Su rosca muestra un tallo ondulante, que conformando roleos, incorpora racimos, palmetas y aves, alternando palomas y pavos reales. La interpretación de estos motivos está, como es habitual, íntimamente vinculada a la simbología paleocristiana.  Las uvas son símbolo de la Eucaristía, la paloma es la alegoría de la resurrección (en alusión a aquella que anunció a Noé el final del diluvio) y el pavo real materializa la idea, de origen clásico y que luego pasó al mundo cristiano, de la presencia de Dios que todo lo ve, en relación con su cola desplegada donde, como si fueran ojos, se disponen multitud de formas ovales.

El arco toral apoya sobre dos capiteles-impostas rectangulares, que presentan en sus caras frontales escenas muy similares: sendas parejas de ángeles sostienen discos con la representación del sol y de la luna en forma de busto, siguiendo la disposición clásica de imago clipeata. Su identificación es indudable, dado que se  acompañan de rótulos con sus nombres. El sol tiene la cabeza enmarcada por rayos, mientras que la luna soporta sobre la misma un creciente. Aunque pueda resultar sorprendente encontrar estas representaciones paganas en el Medievo, no hay que olvidar que la iconografía paleocristana bebió directamente de fuentes clásicas, adaptándolas a sus necesidades litúrgicas. En la Grecia Clásica, el tema del sol (Helios) y la luna (Selene) flanqueados, por efebos y doncellas se interpretaba como el inalterable discurrir del tiempo, la eterna sucesión del día y la noche. Cristianizado el asunto, al transformar los muchachos y las damas en ángeles, la metáfora a la que hacen alusión sigue siendo la misma: el reiterado e ineludible paso del tiempo, la Eternidad. En ocasiones, y siguiendo la simbología dada por la patrística, el sol y la luna han sido identificados también, respectivamente, con Cristo y la Iglesia. Algunos historiadores del arte, no obstante,  otorgan a estos relieves una interpretación mucho más compleja, ligada a la persistencia del culto mitríaco en la Península o conectando su iconografía con el rito maniqueo.