En el nivel medio, rodeado de jardines y pabellones se encuentra el palacio, que constaba de numerosas dependencias sin una clara ordenación funcional. Entre estas destacan dos grandes salas basilicales, posiblemente destinadas a audiencias; una de ellas, la más antigua es el famoso Salón Rico, nombre dado por Gómez Moreno, y en la actualidad totalmente anastilosado por Félix Hernández. El edificio fue mandado construir por Abd al-Rahman entre los años 953-957, dirigiendo las obras Sunaif, nombre que ya aparece en el año 932 en un capitel reutilizado de los alcázares de Sevilla; los nombres de los tallistas aparecerán años más tarde en la ampliación de la mezquita aljama de Córdoba por Al-Hakam II. 

Ocupa este recinto una situación preferente, con edificios en la parte trasera y la terraza baja a los pies, adquiere, por tanto, un concepto global de la arquitectura, integrado en una escenografía de paisaje. A él se accede por calles abovedadas, que llevan del nivel alto al salón, a un pórtico tras el que se abrían tres naves delimitadas por arcos de herradura, y flanqueadas por otras dos salas, precedente, según Ewert de los pórticos y salones del palacio de la Aljafería de Zaragoza. Las naves rematan sus cabeceras con arcos ciegos, de los que el central actúa como un nicho de mihrab.

Debía tratarse, como su nombre indica, de un rico espacio decorativo, articulado por columnas de mármol azul de Córdoba y rosa de Cabra; de mármol también eran las placas que cubrían la base del muro, siendo la parte superior de estuco tallado, con una decoración en torno a tallos centrales; se trataba de una nueva técnica decorativa basada en la talla del exorno sobre una piedra distinta a la de los muros, tradición bizantina, que pasará a lo omeya, y posteriormente a lo abbasí; era como un revestimiento del interior, aquí sí es correcto hablar de horror vacui, la decoración se extendía por todos los paramentos. El trabajo de cincel y trépano ofrecía un claroscuro muy violento. Los capiteles de la sala eran clásicos en su morfología: dos pisos de acanto con volutas, pero el estilo era andalusí.

La luz entraba en la estancia a través de cinco arcos de herradura enjarjados, insuficientes para iluminar convenientemente la estancia, por lo que se cree que debieron utilizarse lámparas de aceite, como era habitual en la época. En este lugar vivió los últimos años el califa.
Delante del salón, la terraza, dividida en forma de cruz por dos canalizaciones de agua, disponía de una alberca o estanque, como era frecuente, y un “Kiosco de jardín”, elemento casi indispensable en el mundo turco, denominados “templetes del amor”. 

Junto a la muralla, en la zona septentrional, al-Hakam II construyó posiblemente otro gran salón, el denominado por Velázquez Bosco “salón de embajadores”, con cinco naves abiertas a un gran patio cuadrado. De este recinto no se conserva ningún resto de decoración, por lo que resulta difícil su reconstrucción.

Entre este nivel y el inferior en el que se situaban las caballerizas, talleres y casas populares, podíamos encontrar la mezquita, ya comentada.

La aljafería de Zaragoza.

 Es necesario, antes de entrar en la descripción del edificio, intentar resolver algunas cuestiones sobre el arte de los reinos de taifas. El primer concepto erróneo, es que Taifas se utiliza en muchos casos como epílogo o conclusión del arte califal, sin dotarle de una entidad suficientemente clara como para mantener una valía artística autónoma. Estudios recientes se esfuerzan en revisar este período y aplicarle el valor que se merece, concretamente Ewert piensa que cada vez se da mayor importancia a esta etapa, 1031-1090, a pesar de su corta vida. Estos sesenta años son caóticos, de crisis permanentes, luchas intestinas, supone el principio del fin. La presencia en 1090 de los almorávides produjo el sometimiento para lo taifa.

 A nivel cultural, el período de los reinos de taifas, es de cierta riqueza, puesto que los reyes intentan legitimar su poder a través del arte en general. Lo que durante el período califal fue una característica permanente, las influencias extranjeras, en esta otra época los contactos con el exterior van a quedar suprimidos, se producirá un aislamiento del resto del Islam, que provocará, según Gonzalo Borrás, un proceso de hispanización, de desarrollo en profundidad de las características de lo hispanomusulmán, llegando incluso a un manierismo, “un amaneramiento de lo califal” en palabras de Ewert.

 Ha de considerarse lo taifa como el enlace formal y artístico con la etapa siguiente. Los almorávides en principio austeros, con sentido militar de la vida y el arte, al establecer contacto con Al-Andalus absorben lo taifa, entrando con gran vigor en el arte. Es el enlace por el cual lo taifa influye en lo almorávide, incluso en África.

 Al tratarse, como decimos, de una época especialmente conflictiva, el arte taifa es un arte fundamentalmente militar y palaciego. Militar por funcionalidad, y palaciego por necesidad  de legitimar  su estirpe con palacios construidos  rápidamente y con poco dinero.  A los problemas políticos habría que añadir una grave crisis económica, que junto a la decadencia de Córdoba traerá consigo un cambio en los materiales utilizados, siendo éstos más pobres, rápidos de trabajar, accesibles, y fácilmente obtenibles a pie de obra: ladrillo, mampostería con hiladas de ladrillo, yeso, etc. Se consigue así una arquitectura muy aparatosa, con todo enlucido y tapizado de yeserías, obteniendo un resultado muy ostentoso, muy barroco, pero perdiendo en solidez estructural. En decoración, se llegará al culmen, lo floral predominará sobre lo geométrico, cubriendo las paredes motivos vegetales que se entrelazarán entre sí tapizando los espacios.

 Los restos conservados son mínimos, debido a la destrucción a la que fueron sometidos por los almorávides, que eran sobrios y anicónicos. Aún así, merecen nuestra atención algunos edificios conservados de este período. Zaragoza es el reino taifa con mayor autonomía de la península debido a su situación estratégica respecto a los reinos cristianos del norte. A pesar de los avances de la reconquista, mantuvo una independencia relativamente segura durante más tiempo que el resto de los estados de taifas. Por ello es por lo que allí se conserva uno de los ejemplos más claros de arquitectura palaciega de este período.