En este periodo visita al Dr. Robert Brabant, el padre de su amiga Rufa, la ya señora Hennell. Éste llevaba años trabajando en un libro que no llegaría a completar que pretendía eliminar los elementos sobrenaturales de la religión. Juntos leyeron obras griegas y alemanas y conversaron sobre teología en largos paseos. Esta amistad terminó cuando Mary Ann fue obligada a abandonar la casa debido a los celos de Mrs Brabant. Este episodio humillante pudo haber inspirado el expresivo retrato de Mr Casaubon en Middlemarch.

Matrimonio.
El estatus de mujer es uno de los temas preferidos en la obra de George Eliot aunque sus escritos plantean un enigma en su actitud hacia la mujer. Así, por ejemplo, vivió veinticuatro años con un hombre casado y, sin embargo, nunca atacó al matrimonio como institución. 
Cuando Mary Ann se estableció en Londres, rozaba ya la treintena y nunca había tenido una relación amorosa satisfactoria. La autora mantuvo una relación que no tuvo ninguna trascendencia con un artista en Baginton y se la relacionó con el editor John Chapman y con el filósofo Herbert Spencer pero parece que no fue correspondida, algo que llevará a Middlemarch y a la relación entre Dorothea y Mr Casaubon. 

Especial importancia en la vida de George Eliot tiene el año 1854 cuando, con treinta y cuatro años, se va a vivir con el crítico literario y biógrafo de Goethe, George Henry Lewes. Él estaba casado y tenía tres hijos de su mujer, Agnes, que, de hecho, vivía separada de él y con otro hombre, Thornton Leigh Hunt, amigo y socio de Lewes en la publicación radical The Leader, de quien llegó a tener varios hijos más, todos registrados con el apellido Lewes. Éste, un hombre liberal y generoso, mantuvo una relación amistosa con la pareja pero en 1851, tras el nacimiento del segundo hijo éstos, dejó de considerar a Agnes su esposa. Sin embargo, no dejó de pasarle una pensión de cien libras anuales que continuó recibiendo hasta su muerte en 1902. En el período victoriano, el divorcio no podía aplicarse si no existía una denuncia formal por parte de un miembro de la pareja. Por eso, parecía que Lewes había consentido el adulterio de su esposa y, por tanto, no parecía tener derecho al divorcio. En este momento, Lewes conoce a Marian Evans.

Sin embargo, vivir con un hombre casado y con hijos, a pesar de que la esposa de él hubiese cometido adulterio, significaba vivir en los límites de la sociedad victoriana y, como consecuencia, caer en el ostracismo que se manifestó en que muchos de sus amigos dejaron de visitarles. De todas formas, ellos siempre se consideraron un matrimonio –ella se hacía llamar “Señora Lewes” y se refería a él como “mi marido”- y continuaron juntos hasta la muerte de él. Esta unión pareció influirla de manera positiva al menos en cuanto a una concepción del mundo basada en la fe en la Humanidad que también poseía su pareja. Su amor por Lewes la llenó completamente y fue lo que la impulsó a escribir ficción y a convertirse en la prestigiosa autora de ocho novelas.

El 30 de noviembre de 1878 fallece Lewes de un cáncer intestinal en su casa de Priory. Durante casi veinticinco años él había fomentado el talento de la escritora y se había encargado de los asuntos prácticos de su vida juntos. Marian queda desconsolada e inicia un intenso periodo de luto que dura más de un año. Sin embargo, nadie se lo explicó ni nadie se lo ha explicado aún, la autora, de sesenta y un años, se casa el 6 de mayo de 1880 en la iglesia de St. George en Hanover Square con John Walter Cross, un hombre veinte años más joven que ella levantando, otra vez, muchos rumores a su alrededor. Cross era una persona a la que tanto Lewes como ella conocían desde el año 1869 y que trabajaba como gestor de sus inversiones. La madre de Cross había fallecido una semana después que Lewes y puede que los dos encontrasen el consuelo que necesitaban en su mutua compañía. Algunos críticos creen que contrae matrimonio debido a la necesidad que tiene de regular su vida de pareja con algo legal. Ello le facilitaría volver a hablar a su hermano Isaac, que despierta de su prolongado silencio de veintidós años y la escribe para congratularla sinceramente por las nuevas nupcias. Al final de su vida, recupera su nombre original y firma como Mary Ann Cross.

Tras su luna de miel en Italia la pareja se instala en la casa de campo de ella en Witley para mudarse posteriormente al 4 de Cheyne Walk en Chelsea, Londres. Ésta fue, sin embargo, una relación corta, pues un año más tarde fallece la autora.

Hijos.
La unión ilegítima entre Marian y Lewes les impidió tener descendencia pero ella siempre se preocupó por los tres hijos de éste, que la apreciaban enormemente. En 1869, Marian cuidó como una madre a Thornton, el hijo de Lewes, que había vuelto enfermo de Sudáfrica, y murió en sus brazos. 

La felicidad de su convivencia se vio interrumpida por la muerte de Lewes en 1878, dejando a Mary Ann en la más completa soledad si no hubiese sido por la grata compañía de Charles, el hijo mayor de Lewes, el único que permanecía vivo, que la cuidó con mucho cariño. 
Sus ansias maternales fueron, sin embargo, desplazadas hacia la literatura. Su marido jugó un papel decisivo en este aspecto puesto que fue él quien la persuadió para que explorase los campos de la ficción literaria.

Enfermedad.
Físicamente pareció siempre débil y con dolores permanentes en todo el cuerpo. Sufrió de reumatismo, dolores de cabeza y de muelas y, en cambio, no se cansó de viajar por toda Europa en un época en la que cada viaje era una aventura incómoda. Además, a pesar de un débil constitución física, fue capaz de aprender a jugar al tenis a la edad de cincuenta y siete años. Todo ello parece mostrarnos una personalidad llena de paradojas y ciertos problemas de identidad que explican sus cambios de nombre: para su familia en Warwickshire era Mary Ann, Marian para la intelectualidad londinense, George Eliot para los lectores y Polly para su marido.

Físicamente fue considerada una magnífica fea, de frente baja, ojos grises, nariz y boca grandes y de mandíbula no acabada de forma pero siempre gentil y con una sonrisa que transfiguraba todo su rostro. Sin embargo, poseía un encanto personal que fascinó a muchos, especialmente por la expresividad de su rostro, su gentileza, su bonita voz y su gran inteligencia. Además, era una persona tolerante con las debilidades humanas aunque se indignaba con la mentira. 

Cuando se trasladó con Lewes de nuevo a Londres en 1860 después de haber disfrutado en Holly Lodge, Southfields, Mary Ann cayó en una depresión debida en gran medida al sentimiento de ridículo social sobre su identidad literaria. Desde que su profesión la había hecho famosa, su vida privada con George Lewes se había convertido en una vida pública. Mientras que los lectores adoraban sus novelas, su persona era blanco de las críticas por sus retos a las convenciones del matrimonio. Sus depresiones fueron entonces frecuentes, motivadas por sus dudas y ansiedades sobre su trabajo. Estas depresiones fueron seguidas de dolores a la vez que comenzaba a sufrir a causa de unas piedras en el riñón en febrero de 1874. Su salud se deterioraba mientras su fama crecía más y más.

El 19 de diciembre de 1880, unos meses después de su matrimonio con Cross, Mary Ann comenzó a sentirse muy mal. El doctor le diagnosticó laringitis y no le dio más importancia. Unos días después, su problema renal volvió a causarle fuertes dolores que se desencadenó el fatal desenlace. 

Fallecimiento.
La autora murió mientras dormía a las diez de la noche del 22 de diciembre del año 1880, tan sólo siete meses y medio después de su boda. Tenía sesenta y un años. A su funeral asistieron personalidades como el poeta Robert Browning o el científico T. H. Huxley. Su hermano Isaac también acudió. Su familia se alegró de que por fin Mary Ann hubiese adquirido la respetabilidad que otorga “un nombre”. Su marido, John Cross, escribió The Life (1885-86), en donde se recalcan las cualidades didácticas y morales de una personalidad genial. 

La autora está enterrada en el cementerio de Highgate de Londres, al lado del que siempre consideró su marido, G. H. Lewes, después de que la Abadía de Westminster rechazara la petición de su joven viudo de que se la enterrara junto a otras grandes personalidades. Cien años después de su muerte se le dedicó una de las piedras del Poet’s Corner de la Abadía. 

Vocación literaria.
La autora demostró poseer una gran vocación intelectual que proviene de una gran necesidad de lecturas que realiza en lenguas clásicas y, sobre todo, en alemán. Los nueve años que pasó en Coventry fueron decisivos para ella puesto que allí entra en contacto con el pensamiento científico del momento algo que, poco a poco, va a influir en su concepción filosófica y, sobre todo, religiosa.
Quizás su primera influencia provenga de los escritos de Charles Bray, el rico empresario del grupo de intelectuales de Coventry y de sus obras The Philosophy of Necessity or, the Law of Consequences as Applicable to Mental, Moral, and Social Science (1841). En esta obra, Bray expresa una filosofía determinista según la cual la mente del ser humano está sujeta a leyes fijas e inalterables, recogidas en lo que se podría entender como una Frenología en la que aparecen descritas facultades mentales separadas, cada una de las cuales posee un órgano y un lugar preciso en la superficie del cerebro. Según esta disciplina, estudiando la apariencia externa del cráneo uno puede llegar a poseer un índice riguroso de las facultades mentales desarrolladas en cada persona y, por lo tanto, una guía de las posibilidades morales de cada individuo. Mary Ann encontró esta teoría, al menos en un principio, muy estimulante, lo mismo que le influyó la lectura de An Inquiry Concerning the Origin of Christianity escrita por Charles Hennell, el cuñado de Bray, en el año 1838.

En el año 1854 viaja a Alemania con Lewes para ayudarle en la investigación que está haciendo de Goethe. Conocen a Liszt y a su princesa rusa que, de hecho, es su mujer. Pasan una temporada bastante despreocupados de los mentideros de Londres que, aún desde lejos, no los dejan en paz. Hasta Carlyle entra en el juego de  criticarlos cuando le escribe a Lewes. No parece fácil que la sociedad acepte que una persona pueda romper los moldes prefijados de la convivencia, algo que la autora plasma en The Mill on the Floss al regreso de Maggie Tulliver después de estar con Stephen Guest.

Regresan de Alemania en 1855 y Marian comienza a recibir visitas de agitadoras sufragistas como Bessie Parkes y Barbara Leigh-Smith. En este período sigue traduciendo la Ética de Espinosa, nunca publicada, autor que definitivamente la va a influir de una manera muy clara. De aquí que se pueda decir que las influencias literarias más cercanas a la obra de George Eliot sean Feuerbach, Espinosa y Goethe.

En septiembre de 1856 escribe para la Westminster Review un artículo titulado "Silly Novels by Lady Novelists" en el que ataca el poco contenido de muchas novelas escritas por mujeres que se están escribiendo en ese momento, llenas, por otra parte, de falsos conceptos sobre la sociedad en la que vive. Ninguna de esas novelas va a poseer la observación genuina necesaria para poder escribir. Este momento es el comienzo de su carrera literaria.

Primeros escritos.
Publicó su primer trabajo, un poema, en el Christian Observer en 1840. En 1842 alterna el cuidado de su padre con la traducción del Tractatus Theologico-Politicus de Espinosa (1670). Aquí, Espinosa nos introduce muy escrupulosamente en las escenas bíblicas en las que aparecen milagros haciendo ver al lector el papel tan importante de la función social del mito religioso. 

En junio de 1846 sale a la luz su traducción al inglés del original alemán de D. F. Strauss, Leben Jesu que apareció sin firma y publicada por John Chapman con el título de The Life of Jesus Critically Examined, obra que influiría decisivamente en el racionalismo inglés. A partir de aquí se apasiona por el movimiento racionalista del siglo XVIII y estudia a Espinosa como uno de los antecesores de tal corriente filosófica.

La obra le aportó tan sólo veinte libras y ni siquiera constaba su nombre como traductora.
En estos años realiza diversos viajes con su padre a lugares de la costa buscando un beneficio para su salud pero ésta continúa deteriorándose y Mary Ann se entrega por completo a su cuidado. La relación entre ambos parece suavizarse un tanto en estos últimos años, aunque Mr Evans apenas le dejará dinero en su testamento. 

En mayo de 1849 fallece su padre. Mary Ann tiene entonces veintinueve años y, cinco días después del funeral, accede a viajar con los Bray por Europa para recuperarse del agotamiento que le habían producido los años de dedicación al cuidado de su padre enfermo.